主人公・南雲流星はいつもの教室に違和感を感じていた。男女18人ずつのクラスのはずなのに、女子が1人多い気がする……。しかも周りは誰もその「事実」に気づいていない。
不審に思う流星に、うしろの席からネルが「いつものように」話しかけてくる。……こいつは一体だれなんだ？？？ やがて学園に奇妙な事件が勃発し始める。深夜の理科室で現れるドッペルゲンガー、体育倉庫で意識を乗っ取られる少女、そして謎の空間、消える人々……。ネルは自分をそんな輩と立ち向かう「戦乙女－ヴァルキリー－」と言うのだが！？　
陸、海、空の魔女が入り乱れるヒロイックファンタジー開幕！！