星霊種によっておそわれた星撃士訓練校のクラスメートたちを、不本意ながらも助けた北桜涼真。彼の実力をかいま見たクラスメートたちの涼真を見る目は変わったものの、相変わらずサボり気味の学校生活を送っていた。そんな涼真の前に現れたのは、一つ上の学年に所属する特待生の少女・ほたる。親しげに涼真に接し、さらにほたるのことを「恩人」などと涼真が称するものだから、ロゼ(と彩無)は焦りを覚える。そんなある日涼真たち特待生とロゼは、ほたるの姉がつとめる研究所で新型星撃装備のテストにかり出されることになる。だがそこには恐ろしい策謀がうごめいていて !?
星霊種 突如として現れ人類に牙をむいた謎の存在。人類はそれらに脅かされながらも、ついに対抗手段を手に入れた。星撃武装を用いて星霊種と闘う存在 星撃士。北桜涼真は不本意ながら星撃士訓練校に特待生として通わされていた。そんな訓練校にある日編入生がやってくる。それも、10代にして最強の星撃士 星撃騎士となった少女が。彼女の名前は氷高彩無。涼真のクラスに編入した彩無は、星撃士訓練校の特待生でありながら、不真面目な態度をとる涼真に対し怒りを覚えるが、涼真の秘めた力に気がついて ?秘められた力を解き放ち運命の扉を開く!