ある暑い夏の夜。赤羽一希が立ち寄ったいつものコンビニは、非日常の光景へと一変していた。そこにあったのは、血の海に沈んだたくさんの死体と、その中心で泣きじゃくる黒髪の少女の姿。混乱する一希の前に、さらに武装した兵士達がやってくる。一希はリリスと名乗ったその少女を連れて夜の街を逃げ出すが、逃走空しく、リリスは連れ去られてしまう。  翌日。連れ去られたはずのリリスが、一希の学校に転入生として現れた。何事もなかったかのように過ぎる日常だが、リリスは何かを隠しているようで……!?
「巻き込んでごめんね。あの時、一希があんまり優しかったから、私  」
残酷な運命と対峙する疾走系ボーイ・ミーツ・ガール物語、開幕！

元を超越して襲来する女性のみの戦闘民族『ティルナノーグ』の武装を元に作られ、適性を持つ女性のみが起動できる超常武装  アヴァロン・フェイズ。高校生の森賀瞬は、入学式の帰り道に突如として現れた仲間に追われているティルナノーグの少女を護ろうとする中で、アヴァロン・フェイズの起動に成功、敵を撃退する。少女の名はアリアンロッド。その正体はティルナノーグの皇女だった！　元の世界で孤立したアリアンロッドは、追い立てられるようにこちらにやってきたため、瞬は家にかくまうことにするが