紫堂家の分家・天華規那（あまはなきな）と鈷条茉莉花（こじょうまつりか）を狙って襲ってきた“犬神一来（いぬがみいつき）”から匿まうため、縁（えにし）は両親の協力を仰ぐ。互いの心臓を掴み合うような戦い、それは誰もが無事ではすまないほどの近代兵器と忍術の近接戦闘であった。縁は瞳に宿した“ブロード”の力を使い、一来たちを追い詰めていくが、一来の下には人か獣か妖しい種族たちが集まりつつあった……。奴らは『黒い霧の向こうから来た“闇の種族（ダーク・ワン）”』。幼なじみのエリオットが兇弾に倒れ、最強の変異傭兵エスメラルダも一来の攻撃に左足を失う。また時を同じくして同僚レベッカの“変異”が始まろうとしていた……。最後の刻を前に、紫堂縁、最後の忍術が轟き渡る!!

その日、人類は世界の半分を失った――
〝黒い霧〟の脅威を防ぐために建造された巨大な〝壁〟により地球は分断され、全人口の約半数が故郷を奪われた。難民となった人々を収容するために建築された人工都市〝箱船〟は、今やひとつの国家として、人々の新たな故郷となっている。そのひとつ、九番目の〝箱船〟で探偵事務所を営む数少ない日本人の生き残り、紫堂縁（ルビ：しどうえにし）。彼はあらゆる銃火器を使いこなし、全身の「気」を発動する紫堂流忍術の使い手。そんな彼に窃盗容疑の男を捕らえる簡単な仕事が舞い込んだ。しかし男は縁の前でその真の正体を現す。そして忍び寄る巨大な陰謀と組織。果たして縁に勝機はあるのか!？!!

世界の半分を失った人類は人工都市・「箱船」を創り上げた。その九番目の箱船で探偵業を営む忍術使い、紫堂縁の下へ1人の少女が現れる。少女の名はアンジェラ。物質を一瞬にして破壊、そして再生することが出来る彼女を狙い魔術結社”セフィロト”がその牙を剥く。縁は少女を護るため魔導士たちと死闘を繰り広げるが縁の前に現れたセフィロト屈指の魔導士は、かつて縁と苦楽を共にした親友ノエル。忍術VS魔術。しかも相棒レベッカは「変異」を発症し、その姿を人ならざる者になりつつある。変異を防ぐには制御薬を手に入れなければならない。しかしそこに復讐に燃えるノエルが立ちはだかった!!

突如現れた赤い女によって、友はみんな殺された。しかもそれは親友ノエルと魔術結社”セフィロト”によるものだった。一体何故!？
疑問と憤怒をぬぐえないまま命からがら逃亡した縁は、友の寂しそうな笑顔を知らなかった……。
時は流れ、魔術結社”セフィロト”の手先となったノエルは、すべての物質を破壊、再生できる少女アンジェラを狙って再び縁の前に姿を現す。あの赤い女を連れて――。
いつ”変異”するかわからないレベッカを人質にとられ、縁は罠だと知りつつもノエルの待つ高層ビルに向かう。忍者は友を殺せるか!？魔術と忍術、そして超近代兵器が箱船で哀しく交差する。

ノエルとの戦いによって、右腕と右眼を失った縁の前に謎の武装集団が襲いかかってきた。アサルトライフルと機関銃で武装した男たちは、喫茶カープールを吹き飛ばし、やがて姿を消した。警察の事情聴取を終えた縁の前に、二人の少女が姿を現す。
「あなたのご両親に会いに来たの」
彼女たちは紫堂家の分家・天華規那と鈷条茉莉花。”犬神一来”から匿って欲しい、と。かつて紫堂家に仇をなし、縁の妹を殺したその男の名を、縁は忘れたことがなかった。世界中のネットワークにつながる最強の義眼を手にした縁は、一来への復讐の炎に包まれるが、それは同時に自らの系譜と向き合うことでもあった……。